Stubbenfräsen oder Wurzelfräsen heißt, dass wir mit einer Drehscheibe und entsprechenden Fräszähnen von oben vorhandene Baumstubben und Wurzelanläufer ausfräsen. Wenn nicht anders angegeben, wird so der Wurzelstock bis zu einer Tiefe von ca. 25cm ausgefräst. Der restliche Wurzelstock verbleibt im Boden. Diese Methode sorgt dafür, dass entsprechende Baumstubben von der Oberfläche verschwinden (und man beispielsweise auch mit einem Rasenmäher darüber fahren kann), ohne gleich die deutlich höheren Kosten durch das Ausgraben schultern zu müssen.
Da der restliche Wurzelstock verfault, kann es jedoch zukünftig zu Pilzwachstum oder Absackungen kommen.